Im Dezember 2000 haben die Staats- und Regierungschefs in Nizza einen weiteren Versuch unternommen, die Institutionen den Bedürfnissen der stetig wachsenden Union anzupassen, doch auch dieses Mal misslang der „große Wurf“. Ihn erhoffte man sich von der Europäischen Verfassung, deren Erarbeitung ein Jahr nach Nizza von den Regierungschefs in Auftrag gegeben wurde. Diese Verfassung sollte sowohl die Funktionsweise der verschiedenen EU-Organe neu regeln als auch die Union selbst für die Bürger transparenter machen. Einen Erfolg gab es in Nizza dennoch zu vermelden, nämlich die Unterzeichnung der Europäischen Charta der Grundrechte, in der erstmals die in Europa gültigen Grund- und Menschenrechte für alle Staaten der Union verbindlich festgeschrieben wurden.

Von Februar 2002 bis Juli 2003 tagte ein sog. Konvent, der die Europäische Verfassung erarbeiten sollte. Die Zusammensetzung dieses Konvents stellte an sich schon eine Neuerung im Institutionengefüge der EU dar, waren hier doch nicht nur Vertreter der Regierungen präsent, sondern auch Abgeordnete aus den nationalen Parlamenten, dem EP und der Kommission. Auch die zukünftigen Beitrittskandidaten einschließlich der Türkei waren gleichberechtigte Mitglieder des Konvents, dessen Vorsitz der ehemalige französische Staatspräsident Valérie Giscard d`Estaing inne hatte. Im Gegensatz zu den Regierungskonferenzen, die die früheren Vertragsrevisionen erarbeitet hatten, tagte der Konvent ausdrücklich öffentlich und war bestrebt, die Bürger beispielsweise über das Internet in den Diskussionsprozess über die Europäische Verfassung einzubeziehen.

Zum ersten Mai 2004 erfolgte der Beitritt von acht Mittel- und Osteuropäischen Staaten sowie der Mittelmeerinseln Malta und Zypern. Damit war die Zahl der Mitgliedstaaten der EU auf 25 angewachsen. Für die Gemeinschaft als Ganze stellt diese Erweiterung auch einen qualitativen Sprung dar, wurde durch sie doch endgültig die Teilung Europas aufgehoben. Mit dem Beitritt der neuen Mitglieder verändert sich zugleich auch der Politikstil der Union, die Prägung durch die Gründerstaaten wird schwächer und die Disparitäten zwischen den alten und neuen Mitgliedern führen zu einer Verschiebung der Politikschwerpunkte. Zugleich wurde mit der neuen Beitrittsrunde die Zone der politischen Stabilität, der Demokratie und der Geltung der europäischen Grund- und Menschenrechte bis nach Ost- und Südosteuropa ausgeweitet.

Am 29. Oktober 2004 wurde in Rom der Europäische Verfassungsvertrag feierlich unterzeichnet. Bis Ende 2006 sollte die Verfassung in allen Mitgliedstaaten ratifiziert sein und danach in Kraft treten. Dieser Prozess wurde durch die negativen Referenden in Frankreich und den Niederlanden aufgehalten. Am 1. Januar 2007 erhöhte sich die Zahl der EU-Mitglieder durch den Beitritt Bulgariens und Rumäniens auf 27, wodurch eine grundlegende Reform der EU und ihrer Entscheidungsmechanismen noch drängender wurde. Am 1. Dezember 2009 trat nach langwierigen Verhandlungen über die institutionelle Reform der EU der Lissabon-Vertrag in Kraft. Er ersetzt die bestehenden Verträge nicht, sondern ändert sie lediglich ab und bildet damit den rechtlichen Rahmen, der notwendig ist, damit die EU auch im 21. Jahrhundert eine handlungsfähige Staatengemeinschaft bleibt. Mit dem Beitritt Kroatiens im Jahr 2013 erreichte die Union mit den heutigen 28 Mitgliedstaaten ihre vorerst größte Ausdehnung.

Der Ausbruch der weltweiten Finanzkrise im Jahr 2007 traf auch die Europäische Union, insbesondere den Europäischen Währungsraum („Euro-Gruppe“), schwer und gab damit zwei Phänomenen Auftrieb, welche sich gegenseitig verstärken: Einer wirtschaftlichen Rezession innerhalb der Mitgliedstaaten sowie dem Erstarken der Neuen Rechten, was sich vor allem im Aufkommen rechtspopulistischer Bewegungen und Parteien zeigt. Diese stellen nicht nur eine tiefergehende Integration der EU in Frage, sondern teilweise auch den Bestand der Gemeinschaft insgesamt. Die Geschichte der europäischen Integration kannte Phasen des Stillstands und der grundlegenden Blockade bereits vorher. Dabei wurde jedoch der Konsens, dass es einer europäischen Einigung grundsätzlich bedarf, nicht angetastet. Dass dieser Konsens keine Selbstverständlichkeit mehr darstellt, bewiesen die Bürgerinnen und Bürger Großbritanniens am 23. Juni 2016, als sie im „Referendum über den Verbleib des Vereinigten Königreichs in der Europäischen Union“ mit einer knappen Mehrheit von 51,9% für den Austritt aus der EU stimmten. Auch wenn das Referendum rechtlich nicht bindend ist, bekannte sich die britische Regierung sowie der überwältigende Teil der Abgeordneten zum „Brexit“ und traten in eine langwierige Phase der Verhandlungen über die künftigen Beziehungen zwischen dem Vereinigten Königreich und der Europäischen Union ein. Am 31.01.2020 trat das Vereinigte Königreich schließlich aus der EU aus.